研究所の運営は、所長及び副所長が意思決定を行っています。
その際、各種研究事業に係わる企画、立案、助言及び評価をいただくために、諸分野の研究者に委嘱した企画委員、 並びに所長、副所長、上級研究員、フェロー、研究プロジェクト代表者から構成される「企画委員会」を設けています。
また、高い次元からの助言や提言をいただく「学術参与」を十数人の方に委嘱しています。