本研究所における研究事業の運営は、所長及び副所長等によって構成される所長会議が担います。
　また、研究所における研究事業の推進を図るため、従来の企画委員会を廃止して、所長会議の下に研究企画会議と研究推進会議を設置しました。
　「研究企画会議」は、研究プロジェクトの立案と選定、高等研カンファレンスに係るテーマ設定とオーガナイザーの任命、学術の動向や研究テーマの在り方と展望に関する調査と研究、研究推進会議委員、フェロー等の選考などを行います。構成は、所長・副所長及び４名の学術参与の計8名です。
　「研究推進会議」は、研究企画会議で決定した研究事業について、その実行計画を具体化するために、研究プロジェクトの推進に係る所長・副所長の補佐として、研究プロジェクトの進捗状況の把握や評価、高等研カンファレンスの実施計画、高等研の研究活動における諸課題への対応などを行います。副所長及び新たに委嘱する様々な分野の著名な外部有識者で構成されます。